La UNPA define la Estructura Académico Administrativa en el marco de su Estatuto, definiendo las misiones y funciones de la Universidad y de sus órganos máximos de gobierno (Asamblea Universitaria y Consejo Superior). En ese contexto se establecieron las estructuras necesarias para el funcionamiento adecuado del Rectorado y de cada Unidad Académica y se formalizaron las características generales de los programas especiales que la Universidad requiere para la implementación o fortalecimiento de funciones que resultan estratégicas para la Universidad.

La Estructura Académico Administrativa de la UNPA se rige por la Ordenanza Nº 087-CS-UNPA.

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